Sultan Agung kembali menyerang Batavia untuk kedua kalinya pada tahun berikutnya atau 1629. Pasukan pertama dipimpin Adipati Ukur berangkat pada bulan Mei 1629, sedangkan pasukan kedua dipimpin Adipati Juminah berangkat bulan Juni. Total semua 14.000 orang prajurit.
Belajar dari pengalaman karena kurangnya perbekalan, Kerajaan Mataram membangun lumbung-lumbung beras di Karawang dan Cirebon. Namun, lumbung-lumbung pangan yang dibangun sembunyi-sembunyi itu berhasil ditemukan lewat mata-mata. Belanda pun membakar semua lumbung padi yang membuat pasukan Mataram kekurangan perbekalan.
Di tahun itu wabah malaria dan kolera menyerang. Termasuk Pasukan Mataram yang hendak menuju Batavia.
Tumenggung Sura Agul-Agul yang memimpin pasukan Mataram tiba di Batavia. Ia didampingi dua bersaudara panglima lapangan, Kiai Adipati Mandurareja dan Kiai Adipati Upa Santa dalam misi menyerang Batavia. Namun, jauh panggang dari api. Menurunkan kualitas prajurit karena wabah kolera dan malaria, kurangnya perbekalan, dan ancaman kekalahan membuat mental pasukan Mataram hancur.
Paham jika kekuatan pasukannya berkurang dan tak mungkin menyerang mendadak, Mandurareja menggunakan cara yang berhasil mengalahkan Surabaya, yakni membendung sungai. Pasukan Mataram melemparkan bangkai hewan ke Sungai Ciliwung yang aliran airnya mengalir ke Batavia.
Sungai Ciliwung pun tercemar. Penduduk Batavia yang mau tak mau memanfaatkan air dari sungai tersebut akhirnya terserang penyakit kolera. Pasukan VOC banyak yang meninggal. Termasuk Gubernur Jenderal VOC saat iut, JP Coen dilaporkan meninggal dunia karena wabah kolera dan dimakamkan di Museum Wayang. Namun, dalam riwayat lain, Coen dilaporkan tewas dalam serangan Mataram dan kepalanya dipenggal serta dikuburkan di bawah tangga jembatan Kompleks Pemakaman Imogiri.
Pasukan Mataram yang luluh lantak dalam pertempuran memilih bersembunyi di tepian Sungai Ciliwung. Namun, keberadaan mereka ketahuan pasukan VOC yang menyisir Sungai Ciliwung menggunakan perahu. Pasukan Mataram pun berpencar. Sebagian pasukan ada yang bersembunyi di perkampungan yang kini dikenal sebagai Matraman.
Ikuti Whatsapp Channel Republika
