3. Bom di Kedubes Australia pada 2004
Bom bunuh diri terjadi di depan kantor Kedubes Australia di Kuningan, Jakarta pada 9 September 2004. Pihak kepolisian menduga kelompok Jamaah Islamiyah yang berada di balik aksi teror ini. Pengeboman ini dipercaya dilakukan oleh seorang bernama Heri Kurniawan alias Heri Gori.
Polisi juga menangkap empat orang lainnya yang dianggap sebagai pelaku di Kampung Kaum, Leuwiliang, Bogor, Jawa Barat. Para pelaku dijatuhi vonis hukuman mati.
4. Bom Bali II pada 2005
Bom bunuh diri kedua kalinya terjadi di Bali. Tiga ledakan bom terjadi di RAJA’s Bar dan Restaurant Kuta Square serta di Nyoman Café di Jimbaran. Sebanyak 22 orang tewas dalam aksi bom ini. Dalam peristiwa tersebut, Dr Azahari, buronan asal Malaysia tewas ditembak polisi. Di hari yang sama, Noordin M Top ditangkap di Semarang. Rekaman video tiga pelaku Bom Bali II terungkap.