Selama tahun 2009, Amerika Serikat menilai Indonesia terus menghasilkan kemajuan dalam penguatan demokrasi, yang antara lain terlihat dari sikap Pemerintah Indonesia yang terus mengadili para pejabat tinggi dalam kasus korupsi. Namun demkian, AS melihat masih ada berbagai masalah di Indonesia sepanjang tahun 2009, yaitu dalam hal: pembunuhan oleh pasukan keamanan, praktik main hakim sendiri; kondisi penjara yang kejam; kekebalan hukum bagi petugas penjara dan pejabat-pejabat lainnya; serta korupsi dalam sistem peradilan.

Masalah juga ditemukan dalam hal pembatasan kebebasan berpendapat; kekerasan sosial dan diskriminasi terhadap kelompok-kelompok agama serta campur tangan kebebasan beragama; kekerasan fisik dan seksual terhadap perempuan dan anak-anak; perdagangan manusia; mempekerjakan anak-anak serta kegagalan dalam menegakkan standar dan hak-hak buruh.

Tanpa menyebut nama, AS mencatat kisruhnya masalah menyangkut Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) setelah dua pimpinan KPK dituduh melakukan pemerasan dan penyelewangan kekuasaan. "Kejaksaan Agung membatalkan tuduhan terhadap kedua wakil ketua KPK itu, namun organisasi masyarakat sipil menganggap bahwa ini adalah upaya yang lebih luas untuk menggembosi kekuatan KPK," kata laporan tersebut.


Catatan HAM di Indonesia itu terangkum dalam Laporan Praktek HAM 2009 yang disusun oleh Departemen Luar Negeri AS. Selain Indonesia, AS juga menulis laporan tentang negara-negara lain.

Menurut Deplu AS, laporan mengenai praktik HAM di berbagai negara itu disusun berdasarkan informasi dari kedutaan-kedutaan dan konsulat AS, pejabat tinggi pemerintah asing, organisasi non-pemerintah dan internasional serta laporan-laporan yang telah diterbitkan.

Adapun rancangan awal laporan setiap negara ditulis oleh misi-misi diplomatik AS di luar negeri berdasarkan informasi yang dikumpulkan sepanjang tahun dari berbagai sumber, termasuk pejabat pemerintah, ahli hukum, tentara, jurnalis, pengawas HAM, akademisi, serta aktivis buruh.

"Laporan yang dikeluarkan hari ini merupakan catatan tentang di mana kita sekarang berada. Laporan ini menyajikan fakta sebagai informasi bagi kebijakan diplomatik, ekonomi dan strategis Amerika Serikat terhadap negara-negara tersebut di tahun berikutnya," kata Menteri Luar Negeri Hillary Rodham Clinton di Washington DC pada peluncuran "2009 Country Reports on Human Rights Practises" itu.

Dalam laporan, secara umum Pemerintah Indonesia dinilai telah menghormati hak asasi warga negaranya dan menegakkan kebebasan sipil. Dalam laporan itu juga disebut kebebasan berpendapat yang mengambil kasus Luna Maya dan Prita Mulyasari sebagai contohnya.